办理微生物菌种出口手续的具体步骤如下：

准备工作：企业需具备微生物菌种出口的资质和相关许可证，如企业营业执照、微生物菌种生产经营许可证等。同时，企业应了解目的地国家的相关法规和标准，以确保产品符合进口要求。

产品检验：微生物菌种在出口前需要进行严格的检验，确保产品质量符合国家标准和目的地国家要求。检验内容包括菌种活性、纯度、安全性等。

取得检验报告：在产品检验合格后，企业需向相关部门申请取得检验报告，证明产品符合出口要求。

办理出口许可证：根据目的地国家的要求，企业需向国家相关部门申请出口许可证。需要注意的是，不同国家的许可证办理流程和时限可能有所不同。

准备出口报关文件：企业需准备完整的出口报关文件，包括合同、发票、装箱单、出口许可证等。文件需按照目的地国家的规定和要求填写，以确保顺利通关。

报关出口：在准备好所有手续后，企业向海关申报出口微生物菌种，海关将对报关文件进行审核，审核通过后办理出口通关手续。

目的地国家通关：微生物菌种抵达目的地国家后，企业需按照当地法规办理进口通关手续。需要注意的是，目的地国家可能对微生物菌种的进口设有严格的审批程序和检疫要求。

在办理微生物菌种出口手续时，应注意以下具体问题：

合规性：确保企业的出口行为符合我国和目的地国家的法律法规要求，避免产生违法行为。

菌种分类：根据目的地国家的要求，正确分类微生物菌种，以免发生误报、退货等风险。

包装标识：确保微生物菌种的包装符合目的地国家的进口要求，标识清晰、准确。

文件真实性：报关文件应真实、完整、准确，避免因文件问题导致通关延误。

及时沟通：在出口过程中，与目的地国家的进口商、海关等部门保持良好沟通，了解进口要求，确保产品顺利通关。

保险：为防止出口过程中发生意外，建议企业购买相关保险，降低风险。

了解政策变动：关注我国和目的地国家的相关政策变动，及时调整出口策略。

售后服务：微生物菌种出口后，企业应提供完善的售后服务，如技术支持、产品升级等，以满足进口商和终端用户的需求。

合规存储和运输：确保微生物菌种的存储和运输条件符合相关规定，保证产品质量和安全性。

掌握风险：了解目的地国家的市场风险，如汇率波动、政策不稳定等，做好风险防控。