申请民用驾驶航空器运营合格证有以下几个好处：

1. 合法合规运营：获得运营合格证意味着你的运营活动符合相关法规和标准，具备合法的运营资格。这可以避免潜在的法律风险和责任。

2. 提升企业信誉：持有运营合格证可以增加企业的信誉和专业形象。客户更倾向于选择与合法合规的企业合作，这有助于拓展市场和获取更多业务机会。

3. 保障飞行安全：运营合格证的申请过程要求企业建立完善的安全管理体系和操作规程，这有助于提高飞行的安全性。遵守相关规定和标准可以降低事故风险，保障人员和财产的安全。

4. 获得保险支持：一些保险公司可能要求企业持有运营合格证才能提供保险保障。获得运营合格证可以增加企业获得保险的机会，并提供一定的风险保障。